Investigación en Bioquímica Molecular y Proteómica 2008.

Por cuarto año consecutivo los alumnos del último año de la especialidad Química de la Escuela Técnica ORT Argentina realizarán sus proyectos finales en distintas universidades y centros de investigación con profesionales reconocidos. La metodología de trabajo evita la transpocisión didáctica permitiendo a los estudiantes realizar su actividad final en los lugares donde se está generando el conocimiento. La articulación entre el nivel medio y el postgrado universitario es auspiciada por el CONICET (Consejo Nacional de Investigación Científica y Técnica). Los proyectos de investigación para el año en curso son:

1) Evaluación de la expresión de la molecula de adhesión cadherina epitelial en tejidos humanos normales y tumorales.

Investigador: Dra. Mónica Vazquez-Levin.
Instituto: Instituto de Biología y Medicina Molecular (IBYME - CONICET).
Alumnos: Yael Dobzewicz Y Gala Szapiro.
Link: http://www.proyecto-6q.blogspot.com/

2) Acción del hexaclorobenceno (HCB) sobre la uroporfirinogeno de una línea celular hepatocitos humanos. Mecanismo de acción.

Investigador: Dra. María del Carmen Ríos de Molina.
Instituto: Departamento Química Biológica, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.
Alumnos: Lucas Toiw y Uriel Frid.
Link: http://www.proyectofrid-toiw08.blogspot.com/

3) Modelos experimentales de enfermedades metabólicas: Porfiria y Síndrome Metabólico. Proteómica y Metabolómica de estos disturbios.

Investigador: Dra. Marta Blanca Mazzetti.
Instituto: Departamento de Química Biológica, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (UBA).
Alumnos: Maria Duperron y Mauro Elencwajg.
Link: http://proyectofinal6q.blogspot.com/

4) Factores no hemodinámicos relacionados con la génesis y evolución de la proteinuria durante la enfermedad renal progresiva.

Investigador: Dra. Elsa Zotta.
Instituto: Laboratorio de Fisiopatogénia, Departamento de fisiología, Facultad de medicina, UBA. Alumnos: Barbara Helueni y Melanie Naiman.
Link: http://www.proyectoq08.blogpsot.com/

5) Estudio de la participacion de la anandamida en la regulacion de la interaccion espermatozoide-ovioducto en un modelo bovino.

Investigador: Dra. Silvina Perez Martinez.
Instituto: Facultad de medicina - UBA
Alumnos: Judith Arenas Tenenbaum y Melina Braverman
Link: http://www.scienceproject08.blogspot.com/

6) El estudio de los mecanismos moleculares involucrados en la regulación del gen UGA4 de Saccharomyces cervisiae en respuesta a cambios en la disponibilidad de nutrientes con el fin de dilucidar las distintas cascadas de señales desencadenadas por dichos nutrientes y establecer sus interconexiones.

Investigador: Dra Susana Correa García.
Instituto: Departamento de Química Biologica, Facultad de ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires.
Alumnos: Iván Mikiej y Victoria Salama
Link: http://www.proyectoquimica22.blogspot.com/

7) Diagnóstico de la enfermedad de Von Willebrand (VWD) tipo 2N por técnicas fenotípicas y genotípicas.

Investigador: Dra. Adriana I. Woods.
Instituto: Instituto de Investigaciones Hematológicas "Mariano R. Castex" de la Academia Nacional de Medicina.
Alumnos: Abigail Skverer y Daniela Lin
Link: http://www.vwd-diagnostico.blogspot.com/

8) Estudio de la mielinogenesis en el sistema nervioso periferico en condiciones fisiologicas y patologicas. Participacion de celulas pluripotentes en el proceso de degeneracion-regeneracion nerviosa.

Investigador: Dra Patricia Setton-Avruj.
Instituto: Dpto de Quimica Biologica, Facultad de Farmacia y Bioquimica (IQUIFIB-UBA-CONICET).
Alumnos: Averbuj Daniel y Eitan Rozenszajn.
Link: http://www.proyectoaverbuj-rozenszajn.blogspot.com/

9) Diseño y desarrollo de vacunas antitumorales empleando bacterias y celulas tumorales modificadas con genes inmunomodiladores. Estudio de los mecanismos inmunes inducidos.

Investigador: Claudia I. Waldner y Claudia Mongini.
Instituto: Laboratorio de inmunologia celular y molecular. Centro de Estudios Farmacologicos y Botanicos (CEFYBO. CONICET-UBA)
Alumnos: Amalia Surijon y Maria Belen Tolava Rivero
Link: http://www.amibeluproyecto.blogspot.com/

10) Marcadores Geneticos Asociados al Cáncer

Investigador: Dr.Javier Hernán Cotignola
Instituto: Laboratorio de Cáncer y Apoptosis del Departamento de Quimica Biologica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires.
Alumnos: Ayelén Marano y Solange Perchik
Link: http://marcadoresgeneticos.blogspot.com/

11) Expresion del canal de la conductancia transmembranal de la Fibrosis Quistica (CFTR) en placentas Preeclampticas: posible rol en la regulacion de la actividad de la Acuoporina-9 (AQP9).

Investigador: Dra. Alicia E Damiano
Instituto: Catedra de Biologia Celular, Departamento de Ciencias Biologicas, Facultad de Farmacia y Bioquimica (UBA)
Alumnos: Gabriel Colodenco y Martín Sapir.
Link: http://www.tarkuselp.blogspot.com/

12) Proteómica de factores secretados por células de cáncer de mama y mama normal con capacidad inhibitoria de la producción lipídica.

Investigador: Dra.Guerra de Grignoli Liliana Noemi
Instituto: Departamento de Ciencias biologicas. Facultad de ciencias exactas y naturales,UBA-CONICET.
Alumnos: Fabiana Durante y Tamara Broitman.
Link: http://tyf-proyecto08.blogspot.com/

13) Biotranformación como herramienta para la obtención de drogas de uso farmaceutico: producción de escopolamina.

Investigador:Sandra Irene Pitta-Alvarez.
Instituto: Instituto de Ciencia y Tecnología Dr. Cesar Milstein-CONICET, Fundación Pablo Cassara.
Alumnos: Federico Mauas Walach, Pablo Kuleff.
Link: http://www.finalproyectort.blogspot.com/

14) Estudio de la Growth Associated Protein (GAP-43), su interacción con la Ubicutina y su participación en el control del ciclo celular en células NIH3T3 transfectadas en forma estable y transiente. Efecto de la Apo-transferrina en la remielización: participación de la vía Notch en la diferenciación oligodendrioglial.

Investigador: Doctora Ana M. Adamo
Instituto: Departamento de Química Biológica Patológica, Facultad de Farmacia y Bioquímica de la UBA. CONICET.
Alumnos: Rodrigo C. Pampin y Robby Mattes
Link: http://www.ubiquitination.blogspot.com/
15) Neovascularizaciòn en un modelo murino de inflamaciòn aguda inducida por LPS.

Investigador:Eulalia de la Torre.
Instituto: Facultad de Medicina - Uba - Laboratorio de Inmunofarmacologia.
Alumnos: Federico Mauas Walach, Pablo Kuleff.
Link: http://finalproyectort.blogspot.com/

16 de octubre de 2008 - 21va semana de pasantía

Luego de una semana sin venir al laboratorio, y al saber que solo nos quedaban dos semanas de pasantia , tuvimos que planear una manera de alcanzar a realizar todos los analisis de las muestras para poder tener todos los resultados y hacer estadisticas en base a los mismos.
Por lo tanto hoy fué nuestra última PCR sobre el polimorfismo CDA.

Mientra las muestras estaban en la cicladora, hicimos una electroforesis en gel de agarosa para las muestras de la semana pasada sobre el polimorfismo MDR1.
Al terminar de correr las muestras e ir al lab para revelar los resultados en luz ultravioleta, pudimos ver que habiamos cometido un error al preparar la electroforesis, ya que queriamos correr las muestras de MDR1, pero sin darnos cuenta sembramos el Marker de CDA, es por esto que las bandas de las muestras no quedaron a la misma altura que la banda del Marker. Sin embargo, en base a su experiencia, Javier se dió cuenta de lo ocurrido y encontró la manera de compararlo con el Marker correspondiente de MDR1.


Esperamos verlos mas seguido!

9 de Octubre de 2008 - 20va semana de pasantia

Feriado por Iom Kipur (Dia del perdón).

2 de Octubre de 2008 - 19va semana de pasantía

Lo primero que hicimos esta semana fue una PCR del polimorfismo MDR. Usamos las mismas muestras de ADN de la semana pasada. Esta vez hicimos de 30 ml por tubo, aunque previamente hicimos un MIX como siempre.

En la master mix pusimos:
54,0 microlitros de Buffer
43,2 microlitros de Mg++
108,0 microlitros de dnTPs
16,2 microlitros de Primer mix
5,4 microlitros de Taq Pol
295,2 microlitros de H2O

Luego pusimos 29 micrlitros en cada eppendorf y previamente rotulados todos los eppendorfs con los numeros de muestra le agregamos 1,0 micrlitro de ADN de cada muestra.Una vez que llevamos todos los tubos a la cicladora hicimos un gel de agarosa para hacer una electroforesis de las muestras de la semana pasada con el polimorfismo GSTP.

Una vez que termino de correr el gel, lo llevamos a ver con luz ultravioleta y le sacamos una foto para analizar los resultados obtenidos.


Nos vemos la semana siguiente!!!

25 de septiembre de 2008 - 18va semana de pasantía

Hoy realizamos una PCR del polimorfismo GSTP para las mismas 16 muestras que comenzamos a analizar la semana pasada y las cuales estudiaremos más en profundidad.
Para esto realizamos una master MIX contando las 16 muestras, más el agua y una extra por si hacia falta.
Hicimos los calculos a mano como siempre, y ahora que ya sabemos como hacer las cuentas, Javier nos mostó como lo programo en Excel para unicamente ingresar algunos datos y automaticamente obtenemos los microlitros que debemos tomar de cada sustancia, así se agiliza la técnica.
Mientras esperabamos que termine la cicladora, realizamos una electroforesis de los productos de la PCR de la semana pasada sobre el polimorfismo en el gen GSTT y GSTM.

Luego de que conectamos la cuba y la dejamos corriendo a 100 V utilizamos el tiempo "muerto" para conversar con nuestro investigador sobre las experiencias vividas en nuestro viaje de egresados y le dimos un regalo que trajimos desde San Carlos de Bariloche para él y todo el equipo del laboratorio como muestra del agradecimiento por la buena onda y voluntad para que nosotras aprendamos.

Esperamos verlos la semana que viene!

18 de Septiembre de 2008 - 17va semana de pasantia

Hoy fue la primera semana que vinimos a ciudad universitaria luego de nuestro viaje a Bariloche, ya que las anteriores dos semanas no pudimos asistir por distintas causas.Conversamos con nuestro investigador, y nos conto que a partir de ese dia en adelante ibamos a trabajar con las mismas 16 muestras de ADN de pacientes para poder analizarlas y poder sacar a partir de los resultados, conclusiones sobre la relacion entre los polimorfismos MDR, GSTT, GSTM, GSTP y CDA y la evolucion de los pacientes luego de haber finalizado sus respectivos tratamientos.Es por esto que hoy mismo comenzamos con la primer PCR con estas muestras, de los polimorfismos GSTT y GSTM.Para obtener un volumen final de 15 microlitros, y teniendo en cuenta las cantidades para 18 tubos ( 16 muestras , mas un negativo y se calcula uno mas por si hay error), realizamos una Master Mix con:
PCR Buffer 27 ul
Mg ++ 27 ul
dNTPs 81 ul
Primer Mix 8.1 ul
DMSO 13.5 ul
Taq Pol 4.32 ul
H2O 91.08 ul
DNA 1ul ( muestra por tubo ) ó 1 ul de H2O en el caso del negativo

Lo llevamos a la cicladora y al finalizar Javier congeló las muestras para poder hacer la electroforesis la semana entrante.

Una vez que dejamos las muestras en la cicladora, Javier aprovechó para comentarnos acerca de sus avances en la investigacion durante nuestra ausencia y ya que era su cumpleaños, desayunamos con facturas que trajo para festejar.

Le habiamos traido chocolates de Bariloche, pero como nos olvidamos de llevarlos, se los daremos la proxima vez.

Exitos!

11 de septiembre de 2008 - 16va semana de pasantía

Hoy, 11 de septiembre, no concurrimos a ciudad a causa del festejo del día del estudiante, y la primavera.

La semana que viene estaremos volviendo a la pasantia regularmente.

4 de semptiembre de 2008 - 15 va semana de pasantía

Ésta sería la primera semana de pasantía luego del viaje, pero como ambas pasantes, Ayelén y Solange, estabamos enfermas, no pudimos concurrir al laboratorio.

Esperamos recuperar lo que no pudimos hacer más adelante.

Nos vemos la proxima!

14 de agosto de 2008 - 14 va semana de pasantía

Esta es la última semana antes de la entrega de la introducción, con lo cual realizamos una lentura completa de la misma, para ajustas pequeños detalles, adjuntar imágenes, información y terminar definitivamente con los arreglos.
Con el tiempo de sobra, planificamos lo que serían las últimas semanas y pensamos como terminar para llegar al final del año con la idea del proyecto bien clara y cerrada.

Ya a partir de la semana que viene no vamos a estar yendo a Ciudad Universitaria, como consecuencia del viaje de egresamos que estaremos realizando desde el 18 de Agosto hasta los primeros días de septiembre.
Nos vemos a la vuelta!

7 de Agosto de 2008 - 13 va semana de pasantía

Continuamos con la corrección de lo que habiamos escrito hasta el momento de la introduccion y añadimos algunos detalles más que el investigador consideró importantes para la misma.


Saludos

Introducción al Proyecto Final Química 2008

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24 de Julio del 2008 - 11va semana de pasantia

Esta semana realizamos un gel de poliacrilamida compuesto por:

Stock 29:1 al 30% --->6.67 ml
TAE 50X ---> 400 μ
TEMED ---> 40 μ
APS 10% ---> 200 μ

Íbamos a sembrar 16 muestras de ADN y 1 muestra sin digerir por enzimas, pero tuvimos un inconveniente en cuanto a cantidad de SC preparada para hacer dos geles, ya que hubo un incidente en el cual se desperdicio ml de SC y tuvimos que realizar un único gel en el cual sembramos 8 muestras, mas la muestra sin digerir junto con el marker .
Cuando gelificó la solución notamos de que uno de los wells tenia una burbuja con lo cual sin desaprovecharla sembramos en ella la muestra sin digerir que suipuestamente debía dar una sola banda, con el unico defecto que iba a salir carrida como se ve en la foto:




Casi llegando al final, hablamos sobre la introducción y los posibles contenidos de la misma.

17 de julio de 2008 – 10ma semana de pasantía

Una vez más en el laboratorio…
Este jueves realizamos una extracción de ADN en sangre con CTAB (bromuro de cetil-trimetil amonio). Es el segundo método de extracción que realizamos del cual hablamos uno de los primeros días.
Este método manual, a diferencia del primero que utilizamos con el Kit, requiere un mayor trato y tiempo.
A continuación el protocolo:

Al mismo tiempo que realizábamos la extracción, trabajábamos con otras muestras:
Realizamos un gel de agarosa con 4 muestras que habían sido previamente extraídas (a partir del paso 11)
Trabajamos con otras 4 muestras a partir del paso nº 7, agregándole etanol 70% para lavarlas, sacarles todas las sales que posiblemente hayan quedado etc.…

10 de julio de 2008 - 9na semana de pasantía

En esta novena semana de pasantía realizamos un gel de agarosa 1,5% en la cuba chica (de 50 ml).
Mientras corrían las muestras visualizamos un Power Point sobre fármaco genética y Javier nos introdujo un poco mas profundo acerca de temas relacionados a la investigación para que podamos ir preparándonos y mas tarde realizar la escritura de la introducción.
Trabajamos con el grafico de droga en plasma-horas, y aprendimos algunos conceptos nuevo necesarios, como por ejemplo el de MTC (mínima concentración tóxica) o MEC (mínima concentración efectiva), ambos se relacionan con la cantidad de droga en plasma con el correr de las horas y se estudia el efecto que produce en cada uno de los pacientes. A partir de esta curva se puede analizar algunas modificaciones como por ejemplo en relaciona la dosis suministrada (si algún paciente no llega a MEC puede ser que la cantidad de droga sea poca).

3 de Julio - 8va semana de pasantía

Una vez que ya hicimos la electroforesis con gel de agarosa la semana pasada, esta vez estaba listo para poner las muestras con las enzimas de restricción. Debido a que necesita toda una noche de incubación a 37 grados, Javier, las mezclo con las enzimas de restricción la semana pasada y las dejo en la heladera hasta hoy en día que las usaríamos. Para poder ver si hay algún polimorfismo en los genes de las muestras, tuvimos que hacer un gel de poliacrilamida. Hicimos un gel 10% (que es mas duro y mas finito que el gel de agarosa, ademas tiene poros mas pequeños para que sea mas especifico y se pueda diferenciar bien las diferentes bandas). El gel contenía stock 29:1 al 30%, Tae 50x, agua destilada, APS 10% y Temed. A las muestras con las enzimas les pusimos el buffer. También nos había sobrado un poco de la muestra 3 y la 4 sin enzimas, lo cual lo usamos también para ver si las enzimas cortan y poder comparar que ninguna banda quede en el mismo nivel, a este también le agregamos el buffer. Debido a que era una cuba que se utilizaba para hacer western, no le pusimos el bromuro de tidio al principio para no contaminar la cuba, pero una vez que corrió, sumergimos el gel en buffer y bromuro, para luego poder verlo con la luz ultravioleta. De mientras que esperábamos, ya que esto tardaba bastante en correr, ayudamos un poco en el laboratorio a hacer soluciones, como por ejemplo hicimos un Gel Buffer con PH 8,8 y otra solución fue Stackin Gel Buffer PH 6,8.



Terminamos de hacer las soluciones y el gel ya estaba listo para poder llevarlo a la luz ultravioleta, cuando lo llevamos le sacamos un foto y es la siguiente:


Por algun error, las bandas en el gel salieron corridas como se puede ver en la foto, pero igualmente se pueden diferenciar las diferentes bandas.

nos vemos la proxima! chaoo!

26 de junio - 7mo día de pasantía

Una vez más en el laboratorio, continuamos lo que habiamos hecho la semana pasada. Realizamos una electroforesis en gel de agarosa 1.5%. El objetivo de la misma era comprobar si la PCR de la semana pasada habia salido bien.


Miestras dejabamos correr las muestras Paola, otra investigadora que trabaja en el laboratorio, nos conto un poco acerca de lo que hacia, que investigaba y nos explico sobre las lineas celulares, que tipo de crecimiento tienen, lo cual pudimos ver en el microscopio invertido ( la lente se situa por debajo de donde se apoya la muestra a examinar) .


Luego de que la corrida habia terminado, procedimos a ver con luz UV las bandas que se formaron y pudimos deducir que como dos de muestras tenian bandas más débiles debiamos usar de los mismo un poco mas de cada uno. Ahora pasamos a preparar las muestras para que sean tratadas con enzimas de restricción. Calculamos las cantidades de cada reactivo ( de producto de PCR, de H2O, de Buffer 10x y de encimas ECO 130I ). En esta parte tuvimos que hacer una pequeña modificación por el detalle que les contamos antes, con lo cual al momento de calcular la cantidad de producto de PCR que habia que utilizar para la digestión con ennzimas, tuvimos que agregar 5 ml más esas, con lo cual el volumen de agua a agregar para llevar a volumen final era distinto. A causa de esto, al momento de preparar la Master Mix tomamos el volumen menor de agua, y luego agregariamos la diferencia.


Como la incubación es overnight, lo que significa que se deja toda la noche con las enzimas, Javier dejó las muestras a 37 ºC para que se realice la digestión y luego se congelarian para que la semana que viene pudiesemos seguir trabajando con las mismas.

19 de Junio - 6ta semana de pasantia

Hicimos otra PCR con las 4 muestras de ADN, pero primero calculamos los volumenes de cada compuesto que íbamos a utilizar. La diferencia con la anterior es que esta nos iba a servir para mas adelante para hacer una electroforesis en poliacrilamida con enzimas de restricción. Previamnete se debe hacer una eletroforesis con gel de agarosa para comprobar que la PCR salio bien. Recién ahí se mezclan las muestras con las enzimas de restricción y se las deja 37 horas toda la noche.
Mientras dejamos las muestras en la cicladora( que tardaba al rededor de 3horas), preparamos una solución. Luego nos explico un sobre las células y cromosomas, también hablamos de los genes dominantes y posesivos. Otro tema fue el de los cortes homocigota y heterocigota. Esto fue para que mas adelante pudieramos saber interpretar con mas claridad los resultados obtenidos en cada una de las pruebas.
Muchas gracias por leer!

12 de Junio de 2008 - Quinta semana de pasantía

Esta semana seguimos lo que habíamos hecho en la anterior. Ahora era tiempo de comprobar si la PCR había salido bien como lo planeamos, para lo cual realizamos una electroforesis. Preparamos el gel de agarosa 1.5% (con 0,75g de agarosa y 50 ml de EDTA), y le incorporamos el bromuro de etilio (tuvimos especialmente precaución con el BrEt ya que es cancerigeno) lo pusimos en la cuba , marcamos las calles y lo dejamos secar.
Mientras tanto, a las muestras que obtuvimos de la PCR (que fueron congeladas desde la semana anterior) le agregamos el buffer de siembra con un colorante naranja (3 µ). Una vez más, con todo listo y el gel ya gelificado, sembramos las muestras, un blanco y el marcador de 50pb obteniendo mejores resultados, a diferencia de la primera vez, a la hora de sembrar y corrimos el gel a 100 ev.

Como la electroforesis iba a tardar un buen tiempo, decidimos bajar a las computadoras del segundo piso y navegar por Internet, donde nuestro investigador nos recomendó algunas páginas a partir de las cuales íbamos a poder comenzar a preparar la introducción acerca del proyecto.

Cuando volvimos al tercer piso, las muestras ya habían corrido perfectamente, con lo cual desconectamos la cuba y con precaución nos dirigimos a la habitación de PCR, donde pudimos observar los resultados con luz ultravioleta y sacarle una foto al gel (vale tener en cuenta que se veía más nítida, pero como es una foto se ve más borrosa).

(Gracias al marcador de PM se puede definir a simple vista el peso (en pb, pares de bases) aproximado del fragmento de ADN obtenido por medio de la PCR. Al saber el tamaño que el mismo debía tener, ya que estaba como condicion en el diseño del primer, pudimos verificar a través de la electroforesis que la PCR salió como lo esperábamos)

5 de Junio de 2008 - Cuarta semana de pasantía

Luego de haber aprendido a calcular concentraciones la semana anterior, esta vez lo hicimos pero en la practica. Realizamos una PCR de las muestras para amplificar el gen GSTPi-I104V, cuya función es inactivar drogas y eliminarlas del organismo.
Primero que nada calculamos, para llevar a un volumen final de 15 microlitros, los volúmenes necesarios de buffer, de MgCl2, de dNTPs, de los Primer reverse y forward (iguales cantidades), de la enzima Taq polimerasa, de cada uno de los ADN y para llevar a volumen completamos con H2O.
Como cada muestra por separado lleva iguales compuestos e iguales cantidades de los mismos, para reducir el error, preparamos un Master Mix (se multiplican las cantidades finales por la cantidad de muestras a tratar) y a partir de este pipeteamos cantidades iguales en los eppendorf, a los cuales por ultimo le agregamos las distintas muestras de ADN. Paralelamente realizamos un control negativo, al cual en vez de ADN, se lo trata con H2Od (como el primer no se pega y no hay PCR, la electroforesis no debe mostrar resultados, si sí, significa que algo interfirió en las reacciones con lo cual los resultados pueden ser erróneos.)
Teniendo todo listo y preparado, colocamos los eppendorf en la maquina de PCR (Multigene Labnet), la programamos (especificando las temperaturas de cada paso y la cantidad de ciclos a repetirse) y esperamos a que finalice el proceso.
Como teníamos tiempo de sobra, hicimos algunas soluciones junto con Javier (pertenecientes a un protocolo para la extracción de ADN plasmídico). Así que calculamos cantidades y ¡manos a la obra!

Hasta luego, los saluda Ayelén y Solange!

29 de Mayo de 2008 - Tercera semana de pasantía

En la tercera semana realizamos una electroforesis con las muestras de ADN extraídas la semana pasada. Para ello preparamos el gel de agarosa 1%, y acondicionamos las muestras y la cuba (tuvimos la precaución de verificar que las calles donde van las muestras estén del polo negativo, ya que como el ADN tiene carga negativa, corre hacia el polo positivo). Previamente a la siembra de las muestras originales, practicamos como sembrar con buffer de siembra (compuesto por glicerina 30%, colorante azul y H2Od) para así adquirir mejor manejo de la pipeta a la hora de sembrar. Luego lo hicimos con los ADN de los distintos pacientes y a lo ultimo sembramos el marcador de peso molecular (PM 50 pb- Marker). Igualmente, como eran las primeras veces tuvimos algunos inconvenientes durante la sembrada, lo cual iremos corrigiendo y perfeccionando con el tiempo.

Ya todo preparado, conectamos la cuba y la dejamos correr a 100 ev. (Verificamos la salida de burbujas, lo que significa que pasa corriente)

Mientras que la electroforesis estaba en proceso, Javier nos dio una introducción de lo que íbamos a hacer la semana entrante. Empezamos hablando sobre la teoría de la PCR, nos explico la diferencia entre hacer un primer por computadora, usando distintas paginas, a hacerlo manualmente, donde hay que tener en cuenta distintos cuidados en la practica a la hora de diseñarlo, como por ejemplo:

1) Los primer deben estar formados en lo pasible por un 50% de bases A y T y otro 50% de C y G.
2) Para que el segundo paso de la PCR, el annealing, sea satisfactorio el primer reverse y el forward deben tener una TM (Tº optima) similar. (Ya que si difieren mucho y hay q establecer una Tº media, puede que uno de los dos no se pegue ya que la temperatura es muy alta, y el otro se pegue en algún lugar indebido, ya que la temperatura para el es muy baja.)
3) Hay que tener la precaución de que el primer forward y el reverse no se peguen entre si.
Luego de charlar un tiempo mas, finalmente bajamos a las computadoras de la universidad (vale mencionar que el investigador nos dio una cuenta para que las podamos usar cuando querramos) y navegamos por Internet donde Javier nos mostró algunas paginas y los pasos a seguir para diseñar y encontrar un primer en Internet.
Al volver al laboratorio, ya casi se hacia la hora, nos menciono que en la próxima semana haríamos una PCR, para lo cual nos planteo un problema sobre concentraciones.
Debíamos calcular, sabiendo el volumen final y las concentraciones final e iniciales, cuanto volumen de cada compuesto debíamos usar (usamos datos de una PCR), así de a poco, con la practica, nos vamos a ir familiarizando con la técnica.

En esta imagen se puede ver el resultado de la electroforesis de las muestras de ADN.

Hasta la próxima.